Egy időben terjedő COVID variánsok kockázatait kutatták

Közleményük szerint Csabai István kutatócsoportjának közreműködésével egy európai konzorcium létrehozta az Európai Covid-19 Adatportált, amelynek célja, hogy egységes módszertannal elemezze a nyilvánosan elérhető SARS-CoV-2 genomszekvenálási eredményeket, és ezeket egy könnyen kereshető adatbázisba építse. A járvány kezdete óta világszinten több mint 2 millió mintát gyűjtöttek össze és dolgoztak fel.

Az adatbázis minden megszekvenált minta esetében tartalmazza a genomban előforduló mutációkat és azok előfordulási arányát is az adott mintát alkotó, tehát egy betegtől származó víruspopulációban. Ez azért fontos, mert a vírus evolúciója során az újonnan megjelenő mutációk először gyakran csak kis arányban vannak jelen, de a következő generációkban elterjedhetnek, ha a mutáció előnyös a vírus számára. A közlemény szerint az előfordulási arányokból lehet következtetni arra is, hogy egy mintában egyszerre több ismert variáns (például Alfa, Delta, Omikron) is jelen van-e.

Ha egy egyén egyszerre több variánssal is megfertőződik, az ugyan nem minden esetben, de okozhat súlyosabb tüneteket is, valamint a két variáns kombinációjából létrejöhet egy harmadik, úgynevezett "rekombináns" vírusvariáns.

Az adatokat a kutatók Pipek Orsolya Anna és Medgyes-Horváth Anna vezetésével elemezték.

A SARS-CoV-2 koronavírus variánsai mind eltérő genetikai állománnyal (szekvenciával) rendelkeznek, a kezdeti, Wuhanban megjelent változathoz képest az elterjedt variánsok esetében több olyan egyedien jellemző (definiáló) mutáció fordul elő, ami más variánsokban nem. A kutatók ezeket a definiáló mutáció kombinációkat vizsgálták az Európai Covid-19 Adatportál szekvenciáiban, és keresték azokat a mintákat, amelyekben kis arányban is akár, de több variáns definiáló mutációi is előfordulnak.

A minták 0,35 százalékában (összesen 7700 esetben) találták meg egyszerre legalább két variáns jellemző mintázatait, a legtöbb esetben a Delta és az Omikron variánsok keveredtek egy mintán belül.

Az egyidejű fertőződésekhez elengedhetetlen, hogy egyszerre több variáns is terjedjen a társadalomban, ez figyelhető meg a Delta és Omikron variánsok esetében 2021 vége és 2022 eleje között. Ezek az koinfekciók (együttfertőzés) kiemelkedően gyakoriak voltak Dél-Afrikában, ahol a HIV vírus okozta AIDS megbetegedések száma magas, ami megfelelő kezelés hiányában immunhiányos állapotot eredményez, és elhúzódó fertőzéseket okozhat - állapították meg.

Egy ilyen elhúzódó fertőzés vezethetett például az Omikron variáns megjelenéséhez is: a hosszú fertőzés során az eddigi variánsokhoz képest jóval több mutáció következett be, létrehozva egy sokkal fertőzőképesebb változatot. Figyelmeztettek arra is, hogy a hosszan elhúzódó esetek növelik a koinfekció valószínűségét is, hiszen a hosszú ideig tartó lefolyásuk alatt könnyebben előfordulhat, hogy a beteg találkozik másik vírusvariánssal és elkapja azt. A legyengült immunrendszer ezen felül kedvez a vírus gyors szaporodásának is, ami növeli a rekombináció (genomi keveredés) valószínűségét.

A kutatás célja volt az is, hogy megvizsgálják, végbement-e a rekombináció azokban a mintákban, amelyekben egyszerre több variáns is jelen van. Az ilyen jellegű vizsgálatokat azonban számos technikai nehézség hátráltatja. A kutatók ezeket figyelembe véve két eljárást fejlesztettek ki, amelyekkel sikerült a Delta-Omikron koinfekciók esetében három olyan régiót is azonosítani, ahol gyakran történhet rekombináció. Az eredmény hozzájárulhat ahhoz, hogy az esetlegesen veszélyes, hibrid vírusokat még az elterjedésük előtt detektálhassák.

A kutatás az Európai Unió Horizont 2020 kutatási és innovációs program keretében valósult meg, az elemzés a Nature Communications folyóiratban jelent meg januárban.