A szervezetünk által idegenként azonosított anyagok lehetnek egyébként ártalmatlan külső tényezők (pollenek, állati szőrök, tollak, atkák, penészgombák, ételek, ételtartósítók, színezők, vegyszerek, gyógyszerek, kozmetikumok, mosó- és mosogatószerek, méhek, darazsak, egyéb rovarok), valamint belső, megváltozott szerkezetű szervek és szövetek, pl. gócos mandulák, orrpolip, orrsövényferdülés, orrmelléküreg-gyulladás, rossz fogak, beteg epehólyag és húgyivarszervek, hólyaghurut, prosztatagyulladás, ismétlődő vesemedence-gyulladás, begyulladt aranyeres csomó, nőgyógyászati gyulladások, bélbetegségek, kezdődő daganatos megbetegedések és így tovább.

Bonyolult sejtek, sejtrendszerek biztosítják az immunrendszer működését. Kóros volta három betegségcsoportban nyilvánulhat meg, amelyek egymással társulva is megjelenhetnek.

Ez lehet veleszületett (ilyenkor nem alakulnak ki a megfelelő immunszervek) vagy szerzett állapot. Szerzett immunhiány fejlődhet ki bizonyos fertőző betegségek után (ilyenek a tbc, a lepra és az AIDS). Létrejöhet azonban bizonyos megbetegedések citosztatikus kezelése során is, vagy azért, mert szervátültetés esetén olyan eljárást kell alkalmazni, mely megakadályozza a kilökődést, s ez szintén szerzett immunhiány kialakulásához vezethet.

Jellemzőek az igen gyakori fertőzések (felsőlégúti hurut, orrmelléküreg- és tüdőgyulladás), amelyeket viszonylag enyhe kórokozók is kiválthatnak. Ezért kell rendkívül ügyelni a szervátültetésen átesett, leukémiás, illetve AIDS-es betegek sterilitására.

Autoimmun megbetegedések

Ilyen esetben az immunrendszer saját szerveit, szöveteit érzi idegennek. A jelenség gyakran vírusfertőzés után lép fel, és a szervezet védekezőrendszere saját megváltozott szervei, szövetei ellen fordul agresszív módon ölő (citotoxikus) sejtjeivel, ellenanyagok termelése révén. Az autoimmun megbetegedések lehetnek szisztémásak (általánosak) vagy irányulhatnak egyes szervek ellen. Ilyenkor a kezelés célja az agresszív sejtműködés gátlása különböző gyógyszerekkel, és egyéb, a szervek működését biztosító gyógyszerek által.

Allergiás megbetegedések

Az egészséges immunrendszer allergiás megbetegedés esetén ártalmatlan külső anyagokat, antigéneket érez idegennek, és mindenáron, még saját megbetegedése árán is ki akarja küszöbölni azokat egyedi integritásának megvédése céljából.